Depende de que trap cards você está falando.

Se for de cartas que se ativam em momentos específicos, como Trap Hole, você não pode escolher, infelizmente.

Se for das outras, você ativa quando quiser, mas vai ter que esperar 1 turno depois de colocá-las em campo pra ativar, exceto Reinforcements e Castle Walls que você pode ativar no mesmo.